横滨FC于1999年成立，这是日本首间由球迷拥有和经营的球会。
　　成立后的首季（即1999年），横滨FC聘请了前西德国家足球队球星皮埃尔·列巴斯基成为经理。而奥寺康彦则为成首任主席。奥寺康彦是首位于欧洲职业联赛效力的日本球员。他们首季只能获准于日本足球联赛角逐，未能直接于顶级联赛角逐。他们于日本足球联赛连续夺得两季冠军后，获升级至日本职业足球乙级联赛。
　　他们于日本联业足球乙级联赛角逐了6个赛季，在2001年至2005年都是中游分子。不过，他们于2006年赢得乙级联赛冠军，获得直接升班至日本职业足球联赛的资格。在2007年，即球会成立的九年后，他们首次于日本联业足球联赛亮相。
　　2012年，横滨FC以40万港元无限期借用香港甲组足球联赛球会标准流浪的会籍，以横滨FC香港于当地竞逐。